2006年，是我校“十一五规划”的开局之年，也是百年校庆筹备工作全面启动的一年。2006年中，经过全校教职工上下齐心，同舟共济，我校在教学工作、科学研究、社会服务和国际交流等各个方面都取得了显著成绩。经过网络评选和新闻工作者评选，同济大学2006年十大新闻评选结果1月11日揭晓。按照事件发生的时间顺序排列，它们分别是：
　　◆多位同济人获国家级和部级大奖。1月9日，我校校友、医学院名誉院长吴孟超院士获国家最高科学技术奖，生命科学学院陈义汉教授荣获2005年度国家自然科学奖二等奖（一等奖空缺）。4月26日，汪品先院士荣获中华全国总工会颁发的“全国五一劳动奖章”。8月25日，沈祖炎院士荣获教育部“第二届高等学校教学名师奖”。
　　◆博士点申报工作取得新突破。在新增数学、化学、海洋科学、计算机科学与技术和工商管理等5个一级学科博士点的同时，新增19个二级学科博士点。至此，我校拥有一级学科博士点17个，二级学科博士点78个。
　　◆燃料电池汽车研发取得新进展。2月7日，“十五”国家863电动汽车重大专项顺利通过科技部评审验收。6月，两辆“超越三号”参加在法国巴黎举行的第八届清洁能源汽车必比登挑战赛，获得赛事最高级别奖。12月12日，第四代燃料电池轿车问世。
　　◆节约型校园创建活动取得了显著成效。5月初，我校作为教育系统的唯一单位获上海市节能先进单位称号。12月5日，学校推出相关主题展览，邀请社会媒体来校，推出了一系列有影响的报道，引起各界广泛关注，并受到中央有关领导重视。“创建环境友好、资源节约的学习型校园”列入学校“十一五”规划。
　　◆意大利总理普罗迪成为“同济人”。9月16日，意大利总理罗马诺·普罗迪来校访问，出席中意学院第一批学员开学典礼，接受同济大学名誉教授聘书，并发表演讲。标志着我校国际化办学，尤其是与欧盟国家的交往与合作又有了全新的拓展。
　　◆我校创新型人才培养推出新举措、有了新平台。10月9日，学校出台《同济大学构建创新人才培养体系框架若干举措》。此后不久，我校成为“国家大学生创新训练计划”10所试点高校之一。11月，我校制定并出台研究生培养机制改革办法，从2007年招收的研究生开始实施。
　　◆同济大学中法中心揭幕。10月28日，学校举行中法中心大楼落成启用典礼，受法国总统希拉克委派，法国文化部部长多内第·德·瓦布尔专程来校，与我国教育部副部长吴启迪一起，为同济大学中法中心揭幕。
　　◆校友、原中共中央政治局常委、全国人大常委会委员长乔石受聘为同济大学百年校庆顾问委员会主任。李庄同济广场、纪念碑落成。百年校庆系列活动框架初定，“同济大学百年校庆”作为主题之一，列入国家邮政局纪念邮票发行计划。将在我校举行的“五月的鲜花”全国大学生大型校园文艺演出活动主题确定为“同舟共济、和谐中国”。
　　◆《同济大学“十一五”规划纲要（草案）》拟定，并经12月底召开的八届二次教代会审议通过。
　　◆12月25日，万钢校长被增选为中国致公党中央委员、常委、副主席。